Luego de que se decretó la Sierra de San Miguelito como Área Natural Protegida (ANP), de acuerdo con la Ley General del Equilibrio Ecológico y Protección al Ambiente (LGEEPA), se debe establecer un plan de manejo para la regulación que establece actividades, acciones y lineamientos básicos para la operación y administración del área natural protegida, que deberá contener entre otros datos, la especificación de las densidades, intensidades, condicionantes y modalidades a que se ajustarán las obras y actividades que se vienen realizando en las mismas, en términos de lo establecido en el Decreto de creación, su categoría y demás disposiciones legales y reglamentarias aplicables. Al respecto, el representante legal de algunos comuneros de San Juan de Guadalupe, Carlos Covarrubias Rendón señaló que se tiene que trabajar en un plan de manejo para el Área Natural Protegida (ANP) de la Sierra de San Miguelito, y atender los litigios e inconformidades que se puedan presentar ante el decreto emitido por el presidente Andrés Manuel López Obrador. “Es un tema muy amplio el plan de manejo y se debe de impulsar e involucrar a toda la sociedad en su conjunto para que participe en la construcción de esto, que es muy importante y sabemos que habrá algunas situaciones importantes de litigio e inconformidad, las comunidades en un momento determinado pueden ser muy duras conforme a las decisiones que tome la autoridad ambiental en cuanto a lo que les quieran imponer y hay que escuchar a las comunidades para que este plan de manejo realmente sea de utilidad”, dijo.  Expuso que en este asunto deben de participar los gobiernos municipales, estatal y federal, para dar continuidad a la parte que corresponde a la funcionalidad del área natural, para lo cual se tiene que construir un plan de manejo, en el que tienen que participar los dueños de la propiedad para establecer los parámetros del área de protección de flora y fauna, las actividades posibles y permitidas que prácticamente tienen que ver con la forma de vida de la gente. Carlos Covarrubias puntualizó que la parte ambiental tienen que ver con el tema de la conservación, “son cuatro grandes rubros que refieren al tema, que son los servicios ambientales, la cuestión cultural, la forma, y visión. Todo lo que tenga que ver con actividades que se relacionen con la sierra de San Miguelito desde la visión que tiene la gente, la concepción de la gente desde la perspectiva cultural”. Indicó que un tema muy importante es el del agua, “la protección de la misma, de las áreas de recarga, del acuífero, de las corrientes, el tema del apoyo al ecosistema que también es una cuestión fundamental y todo lo que tiene que ver con la regulación de las actividades que son posibles”. Especificó que las actividades que no se deben de desarrollar son en el rubro de construcción de fraccionamientos y de minería, lo que debe quedar establecido en el plan de manejo de forma muy clara.