La Fiscalía General del Estado tiene abiertas siete carpetas de investigación contra la administración de Juan Manuel Carreras específicamente en la gestión de la Comisión Estatal del Agua. Las denuncias van por gasto de obras no construidas, gastos desviados, y obras no comprables. El gobernador del Estado Ricardo Gallardo informó que en el caso de la planta tratadora El Morro se erogaron 800 millones de pesos, y al día de hoy no es funcional. Para que ésta funcione se requieren de 150 millones de pesos más Asimismo, hay plantas tratadoras de agua que se reportaron como terminadas, y éstas no existen.