En el municipio de Comonfort se ubica la Universidad Intercultural de Guanajuato que ya arrancó el ciclo escolar 2022 -2023  Con la publicación del Decreto Gubernativo 125 el gobierno estatal crea la Universidad Intercultural de Guanajuato, institución de educación superior que inició sus operaciones este ciclo escolar. El subsistema de Universidades Interculturales se fundó como uno de los acuerdos de San Andrés Larrainzar en el 2001. Actualmente cuenta con 13 Universidades en el mismo número de entidades del país, en Guanajuato se ubica la número 10. La universidad ofrece las ingenierías en Agronomía Sostenible, Licenciatura en Administración y Logística Intercultural, Licenciatura en Turismo comunitario y Mercadotecnia. El modelo educativo destaca por su programa educativo interdisciplinario, el modelo de formación integral e internacionalización; la inclusión y desarrollo de nuevas tecnologías; el rescate y promoción de cultura y lengua de pueblos originarios; la vinculación comunitaria permanente; la práctica profesional periódica y su plan cuatrimestral. Las instalaciones de la nueva Universidad constan de un módulo de 5 aulas, cafetería, biblioteca, oficinas administrativas, 2 módulos sanitarios y planta de tratamiento de aguas residuales. Así mismo se realiza la construcción de un segundo módulo que se compone de aulas, centros de cómputo, auditorio, laboratorio, oficinas administrativas, de vinculación y patio interior de usos múltiples en un edificio de dos plantas.   Con la puesta en marcha de la Universidad Intercultural, se fortalecen las acciones, para ampliar las oportunidades educativas a través de una educación inclusiva e integral.