Durante el sexenio de Juan Manuel Carreras López, las dependencias educativas fueron las que más recomendaciones por violaciones a derechos humanos recibieron, la mayor parte porque atentaron en contra de la integridad de las y los menores de edad que asisten a dichas instituciones para su formación académica. La Comisión Estatal de Derechos Humanos (CEDH), recibió en total 144 quejas contra diferentes instituciones pertenecientes al Gobierno del Estado durante el pasado sexenio; destacan las del segundo año ya que fue en el que más se recibieron. La administración recibió cinco documentos del 26 de septiembre al 31 de diciembre del año 2015; 34 en el año 2016; 18 en el año 2017; 26 en el año 2018; 25 en el año 2019; 22 en el año 2020; y del 1 de enero al 25 de septiembre del año 2021 recibió 13 señalamientos. Con 29 recomendaciones recibidas, la Secretaría de Educación de Gobierno del Estado (SEGE) y cinco al Sistema Educativo Estatal Regular (SEER), destacaron como las dependencias más violentadoras de Derechos Humanos, durante la administración de Carreras López. De las investigaciones documentadas por la Comisión, la mayoría fueron hechos de presunto abuso sexual cometidos por docentes en contra de alumnas, inclusive, en algunas las niñas resultaron embarazadas.