En el sexenio de Enrique Peña Nieto, la PGR, próxima a desaparecer para dar paso a la Fiscalía General de la República, abrió investigaciones penales contra 345 servidores públicos de la institución por el delito de tortura, entre ellos funcionarios involucrados en la indagatoria por la desaparición de 43 normalistas de Ayotzinapa. Según un reporte oficial, la mayoría de los imputados, un total de 292, pertenecen a la Policía Federal Ministerial; 34 son agentes del Ministerio Público de la Federación (MPF), además de 11 mandos medios y superiores, dos peritos y de seis no se dio a conocer su cargo. Según el documento, solo un funcionario ha sido consignado por la PGR ante un juez federal, sin que haya recibido sentencia condenatoria. El reporte fue elaborado por la Visitaduría General de la dependencia con datos de entre el 1 de diciembre de 2012 a octubre de 2018. Las carpetas de investigación y averiguaciones previas se iniciaron principalmente a partir de denuncias de personas que fueron detenidas por diversos delitos. En el caso Iguala, la Fiscalía Especial en Investigación del Delito de Tortura de la PGR inició una indagatoria relacionada con más de un centenar de probables víctimas. Se ha aplicado el Protocolo de Estambul (mecanismo para determinar si una persona fue víctima de tortura o malos tratos) al menos a 22 detenidos vinculados al caso de los 43 estudiantes de la Escuela Normal Rural Isidro Burgos de Ayotzinapa. En 2017, la PGR admitió que Felipe Rodríguez Salgado, El Cepillo, supuesto jefe de sicarios de Guerreros Unidos, acusado de la desaparición de los normalistas, "presenta algunas lesiones que pudieran tener correspondencia con ciertas maniobras o acciones de tortura física". En el caso de Édgar Vieyra, El Taxco, ex policía municipal de Iguala, se detectó la misma situación.  Entre 2016 y 2017, solicitudes la PGR comprobó al menos nueve casos de tortura, luego de que atendió 49 para aplicar el Protocolo de Estambul. --

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